Molekul polimer karet silikon adalah struktur seperti rantai yang dibentuk oleh ikatan Si-O (silikon-oksigen), dan komponen utamanya adalah polisiloksan linier massa molar tinggi. Karena ikatan Si-O-Si adalah jenis ikatan dasarnya, atom silikon terutama terhubung dengan gugus metil, dan sejumlah kecil kelompok tak jenuh diperkenalkan pada rantai samping.
Kekuatan antarmolekul kecil, dan molekul memiliki struktur heliks. Kelompok metil disusun ke luar dan dapat berputar dengan bebas, yang membuat karet silikon memiliki ketahanan panas yang lebih baik, isolasi listrik, stabilitas kimia, dll. Daripada karet umum lainnya.
Karet silikon yang khas, yaitu polydiformaldehyde siloxane, memiliki konfigurasi molekuler heliks dengan gaya antarmolekul yang relatif kecil, sehingga memiliki ketahanan yang sangat baik. Sementara itu, gugus formaldehida yang menunjuk di luar heliks dapat berputar dengan bebas, yang memberikan karet silikon dengan sifat permukaan yang unik seperti hidrofobisitas dan permukaan yang tidak sticur